自建所以来，与美国、日本、泰国、以色列等20多个国家与地区建立了友好合作关系；国内与北京大学、浙江大学、中国水产科学院、中国科学院海洋研究所、国家海洋局第二海洋研究所等20余家高校和研究机构保持紧密的交流与合作关系；与相关高校联合招收培养硕士研究生近30余人，每年接受国内外高校实习本科生30余人次；连续成功举办了2008、2009、2010、2011、2013五届海洋生态文明（温州）国际论坛。